Plusieurs années se sont écoulées depuis que les deux Soeurs Céléstes, Celestia et Luna, ont donnés pleins pouvoirs à leur élève et amie Twilight Sparkle. Après avoir profité de leur retraite et visiter le pays, ces dernières revinrent de leur voyage autour de leur monde pour reprendre une activité moindre et servirent de conseillères à la jeune Princesse devenue adulte.
Elles s'amusèrent avec Twilight Sparkle à faire des expériences sur divers sorts très puissants et anciens, dont même Star Swirl n'en connaissait pas l'existance. Cependant, un des sort ne fonctionna pas du tout comme voulu et provoqua alors une catastrophe qui entraina soudainement la fusion d'Equestria avec deux autres mondes... Et pas n'importe lesquels :
Un des nouveau Royaume était plongé dans un jour éternel et une chaleur écrasante dominé par l'incarnation de tout ce qui était mauvais en Celestia, la puissante Daybreaker. L'autre, plongé dans une nuit noire et inquiétante, était contrôlé par Nightmare Moon. Par chance, La princesse Twilight avait encore le contrôle du soleil et la lune, donc son monde n'était pas bouleversé magiquement.
A peine arrivées, Les deux nouvelles factions eurent des vues de conquêtes, mais rien n'était encore établis, vont-elles déclarer la guerre ou la paix ? est-ce qu'Equestria va baigner dans les flammes? Allez-vous provoquer ou retenir cette guerre ?
